مرکز تربیت بدنی دانشگاه صنعتی اصفهان در سال 1354 مورد احداث قرار گرفت. در آن زمان به دلیل نبود فضای ورزشی مناسب ، واحدهای تربیت بدنی در زمین و سالنهای ورزشی شهرستان خمینی شهر تشکیل می شد.
در سال 1355 آقای مهندس علی مقدسیان اولین رئیس مرکز تربیت بدنی با خرید سالن بادی که در زمان خود منحصر به فرد بود پایه اصلی این مرکز را بنا نهاد .
این سالن بادی چند منظوره از سال 1355 تا 1356 مورد استفاده قرار گرفت تا سرانجام در سال 1357 سوله های فعلی مرکز که در آن زمان جهت تعمیر و ارائه خدمات فنی به ماشین آلات سبک و سنگین دانشگاه مورد استفاده قرار می گرفت ،به همت آقای اکبر ایرانمنش دومین رئیس مرکز تربیت بدنی (1369-1357) به شکل سالن های فعلی مرکز تربیت بدنی آغاز به کار کرد.
گفتنی است کلنگ احداث استخر دانشگاه در سال 1358 توسط ایشان به زمین خورد. از سال 1369 الی 1370 مرکز تربیت بدنی توسط سرکار خانم کاشف الحق اداره می شد که پس از طی این مدت همسر ایشان جناب آقای محمد صادق داداشی (1376- 1370) ریاست این مرکز را عهده دار شدند.
در زمان مدیریت ایشان در سال 1372 استخر دانشگاه پس از 14 سال و با پشتیبانی آقای دکتر طبائیان معاونت مالی و اداری وقت به بهره برداری رسید . همچنین میزبانی المپیاد ورزشی سال 1372 در کارنامه 6 سال مدیریت ایشان ثبت می باشد.
از دیگر مدیران موفق مرکز تربیت بدنی می توان به جناب آقای مهدی شاهسمندی(1382-1376) جناب آقای دکتر طبائیان (1385-1382)که المپیاد ورزشی 1383 در زمان مدیریت ایشان برگزار شد و به عقیده بسیاری از کارشناسان این المپیاد از لحاظ کمی و کیفی همچنان در صدر بهترین میزبانی تاریخ برگزاری المپیادهای ورزشی می باشد. سرکار خانم منشوری 1388-1385 (برگزاری المپیاد ورزشی نخبگان و المپیاد ورزشی شاهد و ایثارگر در بخش دختران و پسران) جناب آقای دکتر جهانگیر حمیدی1389–1388 جناب آقای عباس فیروزیان 1392-1389 و سرکار خانم مهناز منشوری 1399-1392 اشاره نمود.
هم اکنون ریاست مرکز تربیت بدنی به عهده جناب آقای دکتر علی نیکبخت عضو هیئت علمی دانشگاه می باشد.
در اینجا یادی می کنیم از زحمات بی دریغ پیشکسوتان این مرکز،آقای اکبر ایرانمنش(کشتی)، آقای حمید رحیم لی(ژیمناستیک و بدنسازی)، آقای محمد مقیم (بسکتبال)، مرحوم مهدی شاهسمندی (فوتبال)، آقای جلیل ورد(والیبال)، آقای عبدالرحیم نیسی(ژیمناستیک) سرکار خانم سرور امامی (ژیمناستیک) که زیر بنای اصلی استمرار مرکز تربیت بدنی دانشگاه را به دوش کشیده و باعث سربلندی دانشگاه در بین دانشگاههای سراسر کشور شده اند.